Faggruppen for plantevernmidler risikovurderer bruk av kjemiske eller biologiske plantevernmidler og rester av disse i maten. Når det gjelder godkjenning av plantevernmidler har Norge et ikke tidsbegrenset unntak fra EUs regelverk på dette området så alle plantevernmidler som skal godkjennes på det norske markedet må godkjennes av Mattilsynet. Da VKM ble opprettet i 2004 erstattet det ”Rådet for plantevernmidler” som tidligere foretok risiko/nytteverdi av plantevernmidler for Mattilsynet. Faggruppen har i dag ansvaret for å foreta helse- og miljørisikovurderingene av preparatene men uttaler seg ikke om agronomiske nytteverdi. De sakene som VKM behandler er kun godkjenninger av nye preparater og preparater med betenkelige egenskaper som er oppe til revurdering i Mattilsynet.